Bioinformatique médicale appliquée au diagnostic

Présentation

L’unité de Bioinformatique médicale appliquée au diagnostic des Hôpitaux Universitaire de Strasbourg est principalement dédiée au traitement des applications de séquençage à haut débit (NGS) des autres unités du pôle de biologie. Le développement des activités de séquençage à haut débit a été initié dès 2011 dans les laboratoires de recherche en génétique humaine sur Strasbourg. Le transfert en 2012 de cette activité dans l’unité de Génétique Moléculaire (HUS) et son implémentation en Oncobiologie (IRC) en 2013, marquent les débuts en routine diagnostique de cette activité essentielle (hématologie, tumeur solide, oncogénétique, maladies rares). Dès lors, les besoins informatiques et bioinformatiques croissants ont nécessité la création d’une équipe de bioinformatique en 2016, qui se formalise en 2017 par la création de l’unité de Bioinformatique Médicale appliquée au diagnostic (UF 7363) et son rattachement au pôle de biologie en 2019.

Les objectifs de cette UF situées dans le cadre des activités de séquençages à haut débit sont :

d’assurer et maintenir la routine diagnostique,
d’assurer les développements bioinformatiques à même de soutenir l’évolution des besoins dans les laboratoires et l’implémentation de technologies de pointes en bioinformatique dans le domaine médical (Big Data),
d’assurer la formation et le support pour ses utilisateurs,
d’assurer la formation et l’encadrement de stagiaires et des internes.

Ces objectifs s’insèrent totalement dans une démarche qualité passant par l’accréditation des examens de biologie selon la norme ISO 15189 et les autres normes en vigueur dans les Laboratoire de Biologie Médicale.

L’équipe

Dr Antony Le Béchec – PhD (Ingénieur) – Responsable – 03 88 12 75 38 – antony.lebechec@chru-strasbourg.fr
Dr Jean Muller – PhD (MCU-PH) – Responsable adjoint – 03 69 55 07 77 – jeanmuller@unistra.fr / jean.muller@chru-strasbourg.fr
Dr Thomas Lavaux – PhD PharmD (MCU-PH) – 03 88 12 58 19 – thomas.lavaux@chru-strasbourg.fr
M. Jean-Baptiste Lamouche – Ingénieur – 03 69 55 11 63 – jean-baptiste.lamouche@chru-strasbourg.fr
M. Samuel Nicaise – Ingénieur – 03 69 55 11 63 – samuel.nicaise@chru-strasbourg.fr
M. Mateusz Rauch – Ingénieur – 03 69 55 11 63 – mateusz.rauch@chru-strasbourg.fr

GitHub de l’unité DockerHub de l’unité